生物发光计数法是一种经过简化的生物化学方法，操作十分简单，利用 ATP与荧光素-荧光素酶复合物的反映来测定是否存在三磷酸腺苷（ATP）。该法可用于样品中微生物总数的测定。生物发光反应需要ATP、荧光素和萤火虫荧光素酶—— 一种能在萤火虫尾部发光的酶。反应期间荧光素被氧化并发出荧光。用荧光检测器测定荧光的强度，该强度与样器中的ATP含量成正比。因为每种微生物细胞中的ATP含量是恒定的，所以样品中ATP含量与样品中微生物的数量有关。自动荧光检测器能在3 min内测定样品中是否存在酵母、霉菌或细菌细胞。具有专用软件、配置打印机、自动取样器和计算机界面的荧光检测器。起分析灵敏度可达1个微生物/200mL (Anon 1987)。生物荧光检测设备的成本取决于设备的自动化程度,总检测时间约为1.5~3min。

由于该方法能迅速获得测定结果，因此其使用日益广泛。一般来说，产品从微生物检测到销售中心再到零售商手中需要 12d左右。采用快速微生物检测法（如生物荧光检测法）可以使产品的发送不超过24h。用琼脂检测法进行表面污染监控测试需要2~3d，但采用生物发光检测技术只需30s。尽管ATP生物荧光检测计数法从20世纪80年代中期就开始使用，但是直到20世纪90年代中期才广泛应用于食品加工业中，主要原因是各项技术的进步使得这种微生物快速检测法的应用得以实现。各种新的具有高灵敏度的生化试剂（与ATP分子接触时能发出荧光的生化试剂）使微生物筛选的速度加快，能在24h内检测样品中含量极低的微生物。

由于这种方法检测速度快、能减少食品再受到污染的风险，因而成为一种可靠的快速检测微生物污染的方法。尽管人们认为琼脂平板技术比生物荧光检测成本低，但是实际成本分析表明，这种快速微生物检测方法与传统方法相比节省约 40%（Le Coque, 1996/1997 ① ）。

这种方法的缺点是：残留清洗剂能抑制发光反应，是测定系统不能正常显示响应（因此，许多商业生物荧光检测器中含有中和剂以消除去污剂和清洗剂的影响）； ATP生物清洗剂检测器不适合用于粉装产品加工厂（特别市窜在乳粉或面粉时）；某些海产品中本身具有能发出荧光的物质，从而导致表面检测出现较多的假阳性结果；酵母中ATP的含量是细菌的20倍左右，结果使微生物计数复杂化。照射中方法的主要优点是：能检测组织渗出液中的ATP（其他检测方法则不行）；可直接检测受污染的设备。

目前进行的研究主要是寻求可以产生 ATP的腺苷酸激酶以提高生物荧光反应的灵敏度，使这种方法可以检测数量更少的微生物。